インフルエンザの予防接種は、従業員の健康維持増進に役立ち、企業の生産性向上にも繋がります。

しかし、会社がその費用を負担する場合、インボイス制度の対応に頭を悩ませる企業も多いのではないでしょうか。

特に、消費税の処理や請求書の宛名、仕入税額控除の可否など、経理担当者にとっては複雑な問題です。

本記事では、企業が従業員のインフルエンザ予防接種費用を負担する場合のインボイス対応について、具体的な手順や注意点などを解説します。

インフルエンザ予防接種とインボイス制度の関係性

インフルエンザ予防接種における消費税の扱い

インフルエンザ予防接種には消費税が課税されます。

これは、予防接種が医療行為の中でも「療養、医療、施設療養に係るもの」に該当しないためです。

そのため、予防接種費用には消費税が加算され、請求書に記載されます。

会社が費用を負担する際は、消費税込みの金額を支払う必要があります。

会社負担のインフルエンザ予防接種と請求書の宛名

請求書（領収書）の宛名は、会社が費用を負担する主体であるか、従業員個人が負担する主体であるかで対応が異なります。

会社が直接医療機関に支払いを依頼し、会社宛に請求書が発行される場合は、宛名は会社名になります。

一方、従業員が立替払いし、後から会社で精算する場合は、領収書の宛名は従業員個人の名前になります。

請求書がインボイスでない場合の対応

医療機関が適格請求書発行事業者でない場合、発行される請求書はインボイスではありません。

インボイス制度開始後は、原則としてインボイスがないと仕入税額控除はできません。

しかし、経過措置として、2023年10月～2026年9月末までは免税事業者からの仕入につき80％、2026年10月～2029年9月末までは50％の仕入税額控除が可能です。

また、少額特例が適用される事業者であれば、税込1万円未満の取引はインボイスの保存がなくても一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入れ税額控除ができます。

仕入税額控除と適格請求書発行事業者

会社がインフルエンザ予防接種費用を負担し、医療機関からインボイス（適格請求書）を受け取った場合は、仕入税額控除が可能です。

仕入税額控除を行うには、医療機関が適格請求書発行事業者として登録されている必要があります。

免税事業者との取引と経過措置

医療機関が免税事業者である場合、インボイスは発行されません。

この場合でも、上記の通り経過措置が適用されます。